Создание ВУЗа такого типа является уникальным экспериментом и олицетворяет идею сближения экспериментальной и теоретической науки с процессом обучения и подготовки высококвалифицированных и эрудированных специалистов. Основным мотивом создания учебного заведения была подготовка квалифицированных кадров (магистров и кандидатов наук) для институтов Пущинского научного центра Российской академии наук и др. научно-исследовательских и проектных институтов, а также для муниципальных и государственных учреждений России.

ВУЗ организован Постановлением Правительства Российской Федерации от 29 октября 1992 года № 834 по предложению Российской академии наук и Комитета по высшей школе Министерства науки, высшей школы и технической политики России.

С 1993 года по 2005 год ректором являлся чл. - кор. РАН Боронин А.М. С 2006 года ректор - д.б.н., профессор Вайнштейн М.Б..

Образовательный процесс в ПущГЕНИ обеспечивает квалифицированный кадровый состав в количестве 114 человек. Из них 95% имеют ученые степени и звания, в том числе 60 человек - доктора наук, профессора и 48 человек - кандидаты наук.

ВУЗ является одним из малых университетов России, предельная численность одновременно обучающихся в ВУЗе - 237 человек. В 1995 году состоялся первый выпуск студентов, с тех пор ВУЗ подготовил более 800 магистров и более 400 человек прошли обучение в аспирантуре, из которых свыше 60% продолжают работу в институтах РАН.

ВУЗ опирается на материально-техническую базу, научно-производственный и интеллектуальный потенциал институтов Пущинского научного центра (ПНЦ) РАН.

Ежегодно в аспирантуру ВУЗа принимаются аспиранты по 17 естественнонаучным специальностям. Факультет повышения квалификации проводит профессиональную переподготовку и повышение квалификации профессорско-педагогического состава вузов России.

Известными учеными в области естественных наук разработаны уникальные авторские магистерские образовательные программы. Согласно лицензии №2188 от 23 ноября 2011 года ВУЗ ведет прием в магистратуру по 13-ти магистерским образовательным программам 6-ти магистерских направлений: "Прикладная математика и информатика", "Физика", "Биология", "Почвоведение", "Экология и природопользование", "Биомедицинская инженерия".

Отличники учебной и научно-исследовательской работы удостаиваются государственных и специальных стипендий, а также стипендий Администрации Московской области и Главы Администрации г.Пущино.

С 1996 г. обучающиеся в ПущГЕНИ удостоены более 100 именных федеральных и региональных стипендий

В формировании многих приоритетных направлений подготовки магистров в области естественных наук ПущГЕНИ является первым и единственным вузом в России. Используя опыт зарубежных стран, удается готовить высокопрофессиональные кадры на уровне, соответствующем мировым стандартам. Именно поэтому с ПущГЕНИ охотно поддерживают и развивают постоянные связи учебные заведения США, Германии и других стран.

Высокий уровень языковой и профессиональной подготовки магистрантов и аспирантов позволяет активно участвовать в научно-исследовательских и образовательных программах, осуществляемых такими организациями как IREX (Совет по международным исследованиям и обменам), DAAD (Немецкая служба академических обменов), Германо-Российский биотехнологический кооперационный союз (Ost-West Dialog 14), Международная программа подготовки PhD (аспирантов) в науках и инженерии окружающей среды ( Университет Кальяри, Сардиния, Италия) и др.

Институт принимает участие в разработке целевой программы "Научно-техническое развитие территории Южного Подмосковья".

В 2002 году ВУЗ включился в Программу, выполняемую Министерством образования РФ по повышению квалификации педагогических кадров. Начата работа по повышению квалификации преподавателей вузов и школ региона Южного Подмосковья с выдачей соответствующих сертификатов государственного образца.

В 2010 году ВУЗ прошел процедуру государственной аттестации. По итогам государственной лицензионной экспертизы выдана бессрочная лицензия.