Орджоникидзе был открыт медицинский институт. 

Создание медицинского вуза явилось важной вехой в истории культуры, образования и науки Северной Осетии. С его организацией решилась основная задача подготовки врачей, в которых очень нуждалась не только Северная Осетия, но и другие республики Северного Кавказа. С открытием Северо-Осетинского государственного медицинского института появились широкие возможности для развития медицинской науки, клинической медицины и внедрения в практику новых методов лечения, проведения консультативной помощи населению.

Старинный особняк по улице Бутырина стал первым учебным корпусом, с которого начинал свою жизнь институт. В короткие сроки здесь были размещены теоретические кафедры, и 1 сентября 1939 года 100 первых студентов лечебного факультета приступили к занятиям. В 1940 году Северо-Осетинский государственный медицинский институт получил новую прописку по ул. Пушкинской, 40, улучшилась и его материальная база, были организованы медико-биологические кафедры.

Первые шаги института связаны с именами больших энтузиастов своего дела: С.С. Ханаева - первого ректора, профессоров Н.И. Одноралова, А.Н. Геннадиева, А.Г. Чеховского, В.Е. Робинсона, Н.И. Михайлоца, доцентов Н.М. Зангиева, К.К. Попова, О.Б. Собиева. Н.С. Гурциева. 

Становление вуза было осложнено Великой Отечественной войной. Однако в условиях военного времени, институт не только не уменьшил объема учебных занятий, но и организовал кафедры третьего и пятого курсов. В 1942 году институт пережил эвакуацию в Ереван, где продолжал работать на базе Ереванского медицинского института. Здесь и состоялась первая научная конференция Северо-Осетинского государственного медицинского института. 

В марте 1943 года по решению правительства в срочном порядке был проведен новый набор студентов на первый курс. В 1943 году СОГМИ вернулся в родной город, и в том же году состоялся первый ускоренный выпуск врачей.

Год 1943 стал точкой отсчета профессиональной биографии медицинского вуза. Преподаватели и студенты института вписали свои славные имена в дело Победы над врагом. За трудовой героизм на оборонных работах 250 человек профессорско-преподавательского состава и студентов были награждены медалью «За оборону Кавказа». Профессора и преподаватели СОГМИ сочетали основную работу в институте с консультативной и лечебной работой в эвакогоспиталях г. Орджоникидзе. Они являлись инициаторами создания специализированных отделений, авторами ряда оригинальных методов лечения и диагностики, с успехом применявшихся в госпиталях и клиниках страны. 

Послевоенный период выдвинул перед институтом новые проблемы. Главные из них - качественный (профессиональный) рост преподавательских кадров и повышение уровня подготовки выпускаемых специалистов. К этому времени институт расширился, клинические кафедры располагали коечным фондом, соответствовавшим медицинскому вузу IV категории.

В историю института навечно вписаны имена ученых, чей научный и педагогический авторитет поднял институт на качественно новую ступень развития медицинской науки в послевоенные годы. Среди них профессора Б.М. Брин, И.А. Агеенко, К.Т. Овнатанян, В.Х. Фраучи, В.Е.Робинсон, Е.С.Бабаянц. И.М.Липец, М.Н. Бугулов, М.С Левинсон, Б.Д. Фридман, Г.М. Глинер, И.М. Машковский, Н.Н. Пронина Е.Я. Резницкая, Ш.А. Россин, Н.Ф. Питенко, С.Д Астринский, К.Г. Саркисов, Е.Ф. Чамокова, У.Т.Такулов, Г.Г. Непряхин, А.В.Цагарейшвили, И.С. Мгалоблишвили, доценты Н.С.Гурциев, П.В. Фетисенко, И.Г. Дзилихов, В.В.Дибижев, А.А. Езеев, М.И.Тиманович, И.А. Отараев, Н.А. Гиоев, К.К. Попов, М.П.Цибиров, Н.В. Кулова, К.Г. Емельянчик, М.А. Тотров, С.Я. Иоффе. А.М. Погосян, М.Е. Хаев, А.И. Короев, З.Н. Джанаева, Н.М. Вольфсон, Б.М. Бутаев, и многие другие ученые, усилиями которых во многом создан нынешний научно-педагогический потенциал в институте. Несмотря на то, что время становления Северо-Осетинского медицинского института совпало с трудными военными и послевоенными годами, профессорско-преподавательский состав сделал все возможное, чтобы заложить уже тогда прочный фундамент развития медицинской науки в Северной Осетии. Достаточно высокие темпы развития института позволили уже в 50-е годы создать возможности для подготовки молодых кадров через ординатуру и аспирантуру.

Особую веху в биографии Северо-Осетинского государственного медицинского института составили 60-е годы. В институт приехали ученые из других городов, выросли свои научно- педагогические кадры. В этот период значительно улучшилась научная и учебно-воспитательная работа. Особое внимание было уделено оптимизации учебного процесса, а также совершенствованию профессиональной подготовки врачебных кадров. Большая заслуга в этом принадлежала ректору института Максиму Александровичу Тотрову. Прием в институт был увеличен до 400 студентов, было открыто вечернее отделение на 50 человек, начали создаваться новые кафедры и курсы, установились творческие контакты с центральными вузами и научными центрами, была улучшена материально-техническая база кафедр. Все это способствовало бурному росту научно-педагогических кадров, подготовке профессоров. Ими стали А.Х. Адырхаев, М.Д. Гацалов, Р.Д. Хубецова, Ф.Ф. Огиенко, З.Е. Дзукаев, Б.И. Цорионов, А.Х. Хоранов, С.Д. Дзахов, К.Д. Салбиев, Г.К. Бугулов, Г.А. Георгиади, З.В. Хетагурова, К.К. Мерденов, Э.А.Тотрова, Б.А. Тотоонов, В.Б. Брин, Д.В. Албегова, М.И. Тихилова, Б.Г. Мамиев, О.Н. Гурциев, С.Я. Плахтий. Доцентами стали Х.П. Дзеранов, Н.Г. Петросян, Л.Б. Мальцева, С.Б. Тургиев, В.А. Реутова. С.Х. Бязров, А.И. Шутов, Л.М. Тотрова, А.М. Кучиев, К.Т. Есенов, В.С. Попович, Л.А. Калоева, Л.А. Акоева, Э.А. Дзабаев, К.А. Битаев.

Научные исследования ученых на протяжении всей истории института были сосредоточены на разработке наиболее актуальных и перспективных направлений, определившихся условиями республики. Проблемы профилактики, диагностики и лечения инфекционных, паразитарных и венерических заболеваний являлись одними из важнейших в научных исследованиях медицинского института. Научная и практическая деятельность доцентов И.А. Отараева, 3.И. Калитиной, А.А. Езеева, профессоров К.Т. Овнатаняна, Б.А. Тотоонова, М.Н. Бугулова, А.Е. Хаева, З.Г. Басиева, А.М. Рамоновой и других привели к резкому снижению заболеваемости населения республики бруцеллезом, трихинеллезом, гельминтозами, токсоплазмозом, трахомой, туберкулезом. 

Наличие в республике горно-рудной и металлургической промышленности обусловило необходимость разработки проблем профессиональной патологии. Существенный вклад в развитие этого научного направления внесли профессора И.М. Машковский, Б.М. Брин, Н.Ф. Питенко, С.Р. Дихтяр, а в дальнейшем профессора В.Х. Коган, Ф.Ф. Огиенко, З.Е. Дзукаев, Л.М. Мосин, Г.А. Георгиади, О.Н. Гурциев, доценты С.Ч. Тезиева, А.Г. Адырхаев. В настоящее время развитие этого научного направления обеспечивается и научно-исследовательским сектором академии.

Одним из первых научных направлений с момента организации медицинского института было изучение физиологии и патологии эндокринной системы, патогенеза, лечения и профилактики эндокринных заболеваний. Начало этому направлению дали исследования доцента И.Г. Дзилихова и профессоров Е.Я. Резницкой, Б.М. Брина, Н.Н. Прониной. До настоящего времени проблемы эндокринологии находятся в центре внимания ученых института (Р.Д, Хубецова, Ф.С. Дзугкоева, В.Б. Брин). Благодаря работам проф. З.В. Хетагуровой, доцентов В.Х. Дзобелова, Д.А. Езеевой, Ф.А. Николовой и других в республике снизилась заболеваемость эндемическим зобом, появились новые методы лечения и профилактики тиреотоксикоза и сахарного диабета. Богатая природа и уникальные минеральные источники Северной Осетии определили еще одно важное научное направление деятельности ученых института - проблемы курортологии. 

Значительный вклад в изучение влияния курортных факторов на здоровье населения внесли работы доцента А.А. Езеева, а в дальнейшем профессоров Н.Н. Прониной, И.Х. Габановой, Е.Ф. Чамоковой. А.Х. Адырхаева, З.В. Хетагуровой, Л.М. Мосина, Б.А. Тотоонова, доцентов Х.П. Дзеранова, С.Я. Иоффе, Н.В. Куловой, Л.Б. Мальцевой, А.М. Погосяна и многих других. 

Существенных успехов добились ученые института в решении научных задач по проблемам неотложной хирургии и травматологии (профессора С.Д. Дзахов, Ц.С. Хутиев, А.Х. Хоранов, П.К. Бычков, А.А. Кульчиев, доц. Ш.Н. Аладжиков). На кафедрах хирургии внедряются современные методы диагностики и лечения с применением новейшей аппаратуры, что вылилось в организацию центра эндоскопической хирургии (проф. В.3. Тотиков).

В 1974 году открыт второй, педиатрический факультет Северо-Осетинского государственного медицинского института. Подготовка педиатрических кадров диктовалась большим дефицитом детских врачей, в которых постоянно нуждались как Северная Осетия, так и другие республики Северного Кавказа, куда и направлялось немало специалистов после учебы. Первым деканом этого факультета стала проф. Э.А. Тотрова. Еще до открытия педиатрического факультета охрана здоровья детей являлась ведущей проблемой института. Весомый вклад в диагностику и лечение детских болезней внесли профессора Б.Г Лейтес, Е.Ф. Чамокова, а после образования самостоятельного факультета эти проблемы успешно разрабатывались профессорами Д.В. Албеговой, М.И. Тихиловой, А.М. Рамоновой, доцентами З.И. Базоевой, Т.К. Мерденовой и С.Х. Тадеевой. Проводимая кафедрами педиатрии научная, лечебная, консультативная и профилактическая работа позволила значительно снизить в республике детскую смертность.

В 1988 году в институте создан факультет усовершенствования врачей. Его первым деканом стал профессор З.Г. Басиев. Организация факультета дала врачам возможность повышать свою квалификацию и тем самым улучшить в целом качество медицинской помощи населению.

В 1993 году произведен первый набор на вновь открывшийся стоматологический факультет. С его открытием появилась возможность готовить квалифицированные стоматологические кадры в Северной Осетии. Сегодня факультет располагает собственной мощной клинической базой в виде двух многопрофильных стоматологических поликлиник, оснащенных современным оборудованием и высококвалифицированным профессорско-преподавательским составом.

1995 год стал новой точкой отсчета в биографии института. Приказом Госкомитета РФ по высшему образованию № 286 от 26 февраля 1995 года он получил статус медицинской академии. Это явилось официальным признанием высокого уровня учебной, научно-исследовательской и лечебной работы вуза.